空き家の売却にかかる税金の種類～課税所得額をシミュレーションで解説～

空き家の売却でかかる税金とその計算方法

空き家の売却にかかる主な税金は、下表の4種類です。

※令和19年12月31日までは、別に復興特別所得税（売却した年の課税基準となる所得額の2.1％）が徴収されます。

なかでも、売却対価に対する所得税・住民税は高額になります。

以下で、それぞれの詳細についてくわしくみていきましょう。

譲渡所得税（譲渡所得税・住民税・復興特別所得税）

譲渡所得税は、不動産売却による利益（譲渡所得）に対して課される税金です。この税金は、売却対価を得た翌年の2月中旬から3月中旬に確定申告し、同時に納付しなければなりません。

空き家の売却対価を確定申告したときは、譲渡所得税を含め、下記3種類の課税があります。合計すると、紹介した4種類の課税のうち最も金額が大きくなります。

• 譲渡所得税
• 住民税
• 復興特別所得税※

※令和19年12月31日までに売却し、対価を得た場合

譲渡所得税の計算では、課税される部分にあたる「譲渡所得」を算出する必要があります。譲渡所得は、売却で得た対価（＝収入金額）から、購入から売却までの間に売主が負担した取得費および譲渡費用を控除することで計算されます。

さらに、売却する空き家が相続で取得したものだった場合などは、特例が適用される可能性があります。特例適用時には「特別控除額」も控除可能です。

課税対象となる譲渡所得の計算方法を式にすると、次のようになります。

詳しい計算方法の解説と、シミュレーションで譲渡所得税を出してみましょう。

【1】取得費と譲渡費用を算出する

譲渡所得の計算では、まずはじめに「取得費」と「譲渡費用」の算出をおこないます。

取得費とは、空き家を得るにあたってかかった費用を指します。一方、譲渡費用とは、空き家を売るためにかかった費用です。

取得費、譲渡費用には、それぞれ下記のような費用が含まれます。

なお、取得費に含まれる「空き家の購入代金」のうち、建物部分については、減価償却後の価格となります。建築したときからの経過年数に応じて価値が下がっているため、下がった価値を「減価償却相当額」として金額から差し引く必要があるのです。

減価償却相当額は、もともとの購入代金の95％を限度として、以下の計算式で算定します。

上記計算式の償却率については、建物の構造と用途で異なります。下の表で紹介するのは、居住用建物の償却率です。

【2】利益（譲渡所得）から控除の特例分を差し引く

相続した空き家を売却する際に利用できる控除の特例は以下の2つです。2つの特例を併用するのは不可とされるため、いずれか片方だけ適用するものとして計算します。

控除の特例の適用を受けるには、いくつかの要件を満たしたうえで確定申告をする必要があります。適用可否などについては、国税庁のホームページや、最寄りの税務署、あるいは税理士に確認しましょう。

別の記事で「被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除の特例」の要件を分かりやすく紹介しています。参考にしてみてください。

【3】譲渡所得に税率を乗ずる

譲渡所得に対する税率は、空き家の所有期間によって異なります。
取得後5年が経過していると長期譲渡所得扱いで税率が安くなり、取得後5年以内なら短期譲渡所得扱いで税率が高くなります。これら所有期間の判定は、相続などによって取得した年の1月1日時点で行います。

※令和19年12月31日までに売却する場合

譲渡所得税額をシミュレーションしてみよう

【1】から【3】で説明した内容を基に、空き家を売却したときの譲渡所得税額をシミュレーションしてみましょう。

今回のシミュレーションで用いる設例は以下のとおりです。

まず行うのは、建物代金の減価償却の算出です。なお、今回は分かりやすさを重視し、建物代金以外の代金を考慮しません。

算出した減価償却費を元に、取得費を求めます。

上記の計算によって、建物代金の取得費は2832.6万円となります。次に行うのは、売却の対価のうち課税対象となる「譲渡所得」の算定です。

上記の計算によって、課税対象は10,764,000円と算出できました。最後に、税率を乗じて譲渡所得税と住民税の合計を計算します。

譲渡所得税と住民税の合計は4,265,773円となりましたが、今回のケースでは3000万円特別控除を受けられるので譲渡所得はゼロとなり、税金を支払う必要はありません。

なお、控除の特例の要件のなかに「相続開始日から3年が経過する日が属する年の12月31日までに売ること」とあるため、相続してからの所有期間によって控除が使えるか否かは異なります。

3,000万円までの空き家特例を適用できるものとして考えた場合、譲渡所得税（＋住民税）の早見表は次のとおりです。

■譲渡所得×税率（取得費や売却にかかった費用は含まれていません）

※「被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除の特例」を適用

なお、ズバット不動産売却のシミュレーターを利用すれば、想定売却価格・住宅ローン残債・諸経費を入力するだけで譲渡所得税も表示されます。是非活用してみてください。

登録免許税

登録免許税とは、不動産の権利やそのほかの情報に変更・訂正があった際、法務局で申請する「登記」にかかる税金です。

相続した空き家の売却では、相続人が売主となるため、不動産の名義変更（所有権移転登記）が必要です。この手続きのタイミングで登録免許税がかかります。他に登録免許税がかかる例としては、下の表にある「抵当権抹消登記」や「住所変更登記」が挙げられます。

※100万円以下の土地は免税（令和7年3月31日まで）

抵当権とは、住宅ローンの滞納があった際に、債権者である銀行などがその物件を競売にかける権利のことです。空き家の売却では、抵当権実行で買主に損させないよう、「抵当権抹消登記」が必要です。

なお、住宅ローン返済中に所有者が亡くなったケースでは、団体信用生命保険によって完済されることが一般的です。その際、抵当権抹消登記も同時に行われることが多いでしょう。

「住所変更登記」は、所有者が引越したことで空き家となっているケースで必要です。売却前提かどうかに関わらず、所有者の住所が変わった場合には、一定期間内に登記申請することが義務付けられています。

仲介手数料・司法書士報酬にかかる消費税

売却を依頼する不動産会社に払う仲介手数料や、登記申請を依頼するときの司法書士報酬には、それぞれ消費税がかかります。消費税の課税対象となる費用の考え方は下の表のとおりです。

不動産会社に対する消費税は、依頼によって売買が成立し、仲介手数料を支払う場面で発生します。売却を依頼するときにもらえる「媒介契約書」に記載があるため、確認しておきましょう。

司法書士に対する消費税は、書類作成そのほかの申請手続きなど、役務提供に関する報酬について発生します。

また、登録免許税、印紙代、市区町村役場に収める交付手数料などには、消費税はかかりません。

印紙税

印紙税とは、印紙税法で指定された「課税文書」についてかかる税金です。空き家の売却では、売買が成立したときの契約書が該当します。

なお、令和6年3月31日までに作成される書類には、軽減税率が適用されます。

空き家の売却にも税金はかかる【まとめ】

空き家の売却では、売却対価に対して譲渡所得税および住民税がかかります。売る前に登記申請が必要なケースでは登録免許税、売買取引を行うタイミングでは消費税や印紙税がかかります。

最も大きくなる譲渡所得税および住民税では、過大に税を納めてしまうことのないよう注意してください 。取得費と譲渡費用を適切に計算し、特例控除が使えるかどうかチェックしましょう。